1863 erteilte der Naumburger Magistrat dem damals schon weltbekannten Weißenfelser Orgelbauer Friedrich Ladegast den Auftrag für einen Orgelneubau in der St. Marien-Magdalenen-Kirche. Ladegasts Entwurf und ursprüngliche Planung sah ein zweimanualiges Werk mit 19 Registern vor. Aufgrund der geringen Akustik des Raumes bat er zugleich, die zweite Empore in der Kirche zu entfernen, um das Instrument zu vollkommener Geltung bringen zu können. Nachdem seinem Wunsch entsprochen war, konnte Ladegast 1869 das Orgelwerk mit 23 Registern einbauen.

Der damalige Organist Friedrich Brauer berichtet über die Orgelabnahme:
"Die neue Orgel in der St. Marien-Magdalenen-Kirche zu Naumburg an der Saale, erbaut von dem berühmten Orgelbaumeister Ladegast aus Weißenfels, wurde am 16. Oktober 1869 geprüft und abgenommen. Sie ist, wie sich das von einem solchen Meister nicht anders erwarten läßt, in jeder Beziehung ein vortreffliches Werk.

Das dazu verwendete Material ist überall von bester Beschaffenheit, die Arbeit selber durchgängig sehr sauber und accurat. Die Intonation in vorzüglichem Grade gelungen. Die Wirkung der einzelnen Stimmen erweist sich als schön und charakteristisch, die des ganzen Werkes als imposant und mächtig. - So steht das Werk zur Zierde der Kirche, zur Freude der Kirchengemeinde und zur Ehre seines Erbauers in hoher Vollendung da."