Nicolas Berndt wurde in Bonn geboren, wo er bereits seit früher Kindheit Klavier- und Orgelunterricht erhielt. Schon bald entdeckte er auch die Improvisation für sich und erhielt auf diversen Meisterkursen nachhaltige musikalische Impulse, so bei Pierre Pincemaille und Wolfgang Seifen. An den Musikhochschulen in Leipzig und Freiburg studierte er Kirchenmusik (Bachelor und Master) sowie Orgel (Master und Meisterklasse). Zu seinen Lehrern gehörten u.a. Martin Schmeding, Matthias Maierhofer und Ullrich Böhme (Orgel), David Timm und Karl-Ludwig Kreutz (Improvisation), Markus Tomas (Klavier) sowie Manfred Schreier und Michael Köhler (Dirigieren).

Nicolas Berndt konnte aus mehreren internationalen Wettbewerben erfolgreich hervorgehen: Beim Internationalen Mendelssohn-Wettbewerb in der Schweiz wurde er mit dem 1. Preis ausgezeichnet (2015). Mit dem 1. Preis und Publikumspreis beim Orgelwettbewerb des 10. Orgelfestivals „FUGATO“ (2014), dem Gewinn des XI. Internationalen Gottfried-Silbermann-Orgelwettbewerbs (2013) und einem Preis beim Grand Prix der Orgelwettbewerbe an historischen Instrumenten „ECHO“ in Freiberg (2014) konnte er zudem mit dem Erhalt von vier Preisen innerhalb eines Jahres auf sich aufmerksam machen.

Als Organist und Chorleiter wirkte er an verschiedenen Kirchen, so als Organist für die liturgischen Feiern des alt-katholischen Bischofs in Deutschland. Von 2016 bis 2019 war er als Assistenzorganist an der Leipziger Thomaskirche tätig, wo er als Solist und regelmäßiger Begleiter des Thomanerchors in zahlreichen Motetten, Gottesdiensten und Konzerten zu erleben war. Zu seinen Pflichten gehörten daneben auch das regelmäßige Zusammenspiel mit dem Gewandhausorchester.

Im Jahr 2019 wurde er unter einer Vielzahl von Bewerbern in das Amt des Wenzelsorganisten (Naumburg) und damit in eines der traditionsreichsten Organistenämter im Bereich der Kirchenmusik gewählt. Damit obliegt ihm die Verantwortung für die weltbekannte Hildebrandt-Orgel, die einzig authentisch erhaltene große Orgel, die Johann Sebastian Bach maßgeblich mitkonzipiert und auch abgenommen hat.

Nicolas Berndt konzertiert regelmäßig im In- und Ausland, auch mit Ensembles wie dem Freiburger Philharmonischen Orchester, dem Sächsischen Barockorchester oder dem Gewandhausorchester. Seine musikalischen Aktivitäten wurden bereits mehrfach durch Stipendien gewürdigt, u.a. durch die Studienstiftung des deutschen Volkes, die Anna Ruths-Stiftung und die Theodor-Rogler-Stiftung. Er folgte Konzerteinladungen zu Festivals wie den „Merseburger Orgeltagen“ und dem „Bonner Schumannfest“, der Reihe „Ausgezeichnet!“ beim Leipziger Bachfest und zu Instrumenten wie der großen Silbermann-Orgel im Freiberger Dom oder der Orgelanlage in der Nürnberger Lorenzkirche. Mehrere TV- und Rundfunkaufnahmen ergänzen sein Profil, genauso wie seine pädagogische Tätigkeit als als Lehrbeauftragter für künstlerisches und liturgisches Orgelspiel an der Hochschule für Musik und Theater Leipzig und als Dozent für Orgel in der musikalischen Ausbildung des Thomanerchores.